Genome Res：科學家開發出能對單細胞進行大規模分析的新型工具—BigSCale

來源：作者：人氣：-發表時間：2018-06-12 13:33:00【大中小】

近日，一項刊登在國際雜志Genome Research上的研究報告中，來自西班牙的研究人員通過研究提出了一種復雜的計算機框架來分析單細胞的基因表達水平，這一技術可以擴展到對數百萬個獨立的細胞進行分析處理，這項研究中，研究人員首次開發了一種工具來分析諸如大規模的單細胞RNA序列數據庫，這或能極大地擴展單細胞基因組學的研究范圍。

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人類機體中所有的細胞都能共享相同的基因組，但由于基因表達的不同，每一個細胞都有潛力轉變成為組織或器官中的特殊部分，全球的科學家們都在尋找不同細胞之間的差異所在。當前基因組學研究中所面臨的挑戰之一就是分析許多單個細胞來來尋找并且識別這些細胞之間的差異，而利用單細胞RNA測序技術來分析單一細胞就能幫助科學家們面對挑戰，并且理解組織、器官和有機體的復雜性。通過觀察每個細胞的基因表達情況，研究人員就能在極高的分辨率下來描述樣本的異質性。

大規模的單細胞計劃常常能夠幫助識別此前未知的細胞類型，并且繪制出有機體的細胞圖譜，在人類細胞圖譜研究計劃中，研究人員就旨在開發出能組成人類機體所有細胞類型的圖譜，然而，這樣的研究常常會產生大量的序列數據，而分析這些數據庫對于科學家們而言常常是一大挑戰。

這項研究中，研究人員開發出了一種有效的計算機框架，其能夠幫助處理、分析并且整合大規模單細胞實驗研究，同時研究者還闡明了這項策略的強大之處，即他們對包含130萬個單一細胞進行了大規模的研究。研究者Holger Heyn說道，BigSCale是一種能夠鑒別細胞類型特殊基因的強大工具，其或許給后續實驗會帶來極大幫助，該工具能夠幫助解決未來科學家們在大型數據庫分析上所面臨的挑戰，BigSCale能夠幫助研究人員深入分析小鼠大腦的發育過程，并且對一些罕見的神經細胞類型進行特性分析。

最后研究者表示，BigSCale能為幾乎所有物種提供強大的解決方案，甚至還能應用到RNA測序范疇之外，我們希望這種新型工具后期能夠幫助解釋一些大規模研究的數據，比如人類細胞圖譜研究計劃等。

原始出處：

Giovanni Iacono, Elisabetta Mereu, Amy Guillaumet-Adkins, et al. bigSCale: an analytical framework for big-scale single-cell data. Genome Research, 2018; 28 (6): 878 DOI: 10.1101/gr.230771.117